plink 质控芯片数据
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作者写在前面：
在网上看到使用 plink 质控芯片数据包括两步 —— sample QC 和 marker QC。作者的数据关注的多是雌性个体，所以这里面不说 sample QC，只说 marker QC。
数据格式：
数据的质控格式在之前的文章中也有涉及，主要是格式的转换。这里我们要使用的质控软件是 plink，我知道的还有 vcftools。
plink 的输入文件格式我知道的有 plink（.ped，.map）和 vcf 格式，当然我们前一篇文章中的 .hmp.txt 格式的也可以通过 tassel 转换为 vcf 格式，而 vcf 格式又可以转换为 plink 格式。
具体过程：
我的原始文件是 .hmp.txt 格式，所以得通过 tassel 排序转换才能得到我想要的 vcf 文件。
#对原始的.hmp.txt文件排序
run_pipeline.pl -SortGenotypeFilePlugin -inputFile test.hmp.txt -outputFile test.sort.hmp.txt -fileType Hapmap
#将排序好的文件转为 vcf 格式
run_pipeline.pl -fork1 -h tassel.test.sort.hmp.txt -export -exportType VCF
#将得到的 vcf 文件质控
plink --vcf tassel.test.vcf --maf 0.05 --geno 0.05 --hwe 1e-3 --recode vcf-iid --out qc.test质控问题：
第一列是一直质控的项目，第二列是对这些质控项目统计而设置的参数，第三列是得到质控后的文件而设置的参数。这三列的每行都是对应的。
具体参考下面网站：
- 对质控信息的统计情况
plink --vcf vcf_filename --missing --out vcf.missing.stat
plink --file vcf_filename --freq --out vcf.freq.stat
plink --file vcf_filename --hardy --out vcf.hard.stat关于对质控信息的统计参考下面网站：
- 除了统计基本信息，我们还要得到质控后的文件
plink --vcf test.vcf --maf 0.05 --geno 0.05 --hwe 1e-3 --recode vcf-iid --out qc.test就到这里了，如果又补充，作者会更新的。如果有疑问或错误，欢迎一起讨论。也欢迎大家关注专栏，多多来投稿。
编辑于 2018-06-29 00:11
