使用Bioconda管理Linux系统中的生物信息软件

生物信息操作中必不可少的就是Linux系统中各种生物信息学软件的安装。不同软件有不同的安装方法，对系统环境的依赖不同也不同，对于新手来说，经常是一个软件的安装和配置就要折腾很长一段时间时间，大大增加了学习成本。

我自己有两个方法来尽量减少安装软件所消耗的时间：一是直接安装Bio-linux系统，这个系统已经内置了大部分生物信息分析所需要的软件，非常适合新手直接学习分析技术，绕过软件安装和环境配置的麻烦问题。二是使用Bioconda安装和管理各种软件。Bio-linux系统和常用的服务器系统还是有差别的，如果想在学习生物信息分析的同时掌握一些Linux系统的操作甚至维护的技术，配置一台CentOS系统的计算机就很有必要了。这个时候Bioconda就非常有用了。

本文参考知乎专栏以及基因课相关课程（http://genek.tv/dirlist/index/id/65）对Bioconda的安装和使用做简单介绍。

Bioconda介绍

Bioconda是conda上一个分发生物信息的频道。而conda是最初为管理python包而建立的。以下是相关介绍：

“Conda is a portable package manager primarily for python and precompiled binaries. Miniconda is the base system of conda. It includes a standard python and a few required dependencies such as readline and sqlite. In conda, a channel contains a set of software typically managed by the same group.Bioconda is a channel of conda focusing on bioinformatics software. ”

Bioconda主页：Using bioconda - Bioconda documentation

anaconda、miniconda和conda的区别：

简单说来：“conda is a package manager, Miniconda is the conda installer, and Anaconda is a scientific Python distribution that also includes conda.”

Bioconda的优点是安装简单，各个软件依赖的环境一同打包且相互隔离，非常适合在服务器中建立自己的生物信息分析环境。

Bioconda的下载与安装

1.下载和安装miniconda

bioconda的使用首先需要安装miniconda[

。选择linux的64位的python2.7版本（共提供win、Mac、linux三种系统，同时支持python3和python2），直接点击下载。或者复制链接后，用wget下载。

wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda2-latest-Linux-x86_64.sh

下载完成后，在终端键入bash命令进行安装：

bash Miniconda-latest-Linux-x86_64.sh

之后按照提示点击回车，输入要安装的位置，或者输入yes

输入yes后，还没有完成最后安装，还需要source一下：

source ~/.bashrc

这时miniconda就安装好了，输入“conda”会显示相应的信息：

conda config --add channels conda-forge
conda config --add channels defaults
conda config --add channels r
conda config --add channels bioconda

查看已经添加的channels：

conda config --get channels

3.更新miniconda

conda update conda

4.卸载miniconda
删除miniconda的整个文件夹：

rm -rf ~/miniconda

从环境变量中去掉miniconda：打开~/.bash_profile文件，删掉其中miniconda的路径，关闭并保存

删除隐藏的.condarc 、.conda以及.continuum文件

利用Bioconda安装生物信息软件

要通过conda安装软件，首先从这里（Available packages）查找该软件是否被conda支持。如果支持，只需输入以下命令即可安装：

conda install fastqc（软件名）

conda默认安装软件的最新版本，如果想安装指定版本的某个软件，可以先用“conda search 软件名”搜索软件版本

conda install 软件名=版本号

这时conda会先卸载已安装版本，然后重新安装指定版本。

利用conda更新和卸载软件

查看已安装软件：

conda list

更新指定软件：

conda update 软件名

卸载指定软件：

conda remove 软件名