日语中为何保留了大量其他语言中已经更正或弃用的词汇名？

这问题实在太没水平了，属于不懂化学不懂外语也就算了，连历史都不懂的。

Oxygen是揭示燃素说错误的拉瓦锡命名的，换言之在之前人们连氧是元素都不知道，更不用说命名了。实际上，最早意识氧存在的舍勒，把这种气体产物称为“火之气”，并不是oxygen；当然他只是意识到了存在而已。以下引自维基：

 Scheele called the gas "fire air" because it was the only known supporter of
 combustion, and wrote an account of this discovery in a manuscript he titled
 Treatise on Air and Fire, which he sent to his publisher in 1775. 

1777年，拉瓦锡将“活气”改名为“oxygène”，结合希腊语词根“ὀξύς”（尖锐，指酸味）和“-γενής”（产生者）。之所以词源提到酸味，是因为他误以为所有酸都必须含有氧。所以从18世纪到现在，oxygen的意思就是酸素。

氢Hydrogen的来源本来就是能成水的意思，翻译成水素也算合理。另外这也是拉瓦锡命名的，跟燃素说没有一丁点关系。

氢和氧命名都在，拉瓦锡推翻燃素说并且建立正确的燃烧理论之后，提问的前提根本不成立。

而发现人所在国（比如约瑟夫·普利斯特里 的英国）已经认识到燃素说的错误，
不再称氢氧为水素/酸素。

最后，建议少看像上面这种二手翻译内容，公认的发现者应该是拉瓦锡。

PS：顺便说一句“汤”和“娘”的古意也没有完全作废。

比如：赴汤蹈火、金城汤池，很显然前者不是跳菜汤里吧，后者也不是装满汤的池子吧？

“新娘”大概也不是中老年妇女而是指年轻女子吧？

德语的「氢」、「氮」、「氧」也仍然叫 Wasserstoff（水素）、Stickstoff （窒素）、Sauerstoff（酸素）呀。

英语的 hydrogen、oxygen，也是希腊语源的「水素」、「酸素」，nitrogen 是希腊语源的「碱素」。