参考基因组&注释文件，这两大文件是转录组分析的必备文件，可以说没有它寸步难行。
需要者，可以直接从网站下载
1.【小梦想在努力-2018-12-29】
http://www.360doc.com/content/18/1229/16/61186495_805301910.shtml
2.四种途径下载参考基因组
http://www.360doc.com/content/20/0827/13/19913717_932471349.shtml
哪些网址可以下载GTF、Fa、GFF文件(参考基因组和注释文件)？以小鼠为例。
一、Gencode 数据库下载基因注释文件； https://www.gencodegenes.org/mouse/
二、UCSC下载参考基因组http://hgdownload.soe.ucsc.edu
Sequence and Annotation Downloads
http://hgdownload.soe.ucsc.edu/downloads.html
三、NCBI下载参考基因组&注释文件
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/52?genome_assembly_id=992563
四、ENSEMBL下载注释文件
http://ftp.ensembl.org/pub/release-103/gtf/mus_musculus/
【一】Gencode下载注释文件https://www.gencodegenes.org/
https://www.gencodegenes.org/mouse/
在2021年3月23日星期二21：22下载了gencode数据库中的GTF文件。第一个和第二个。
【二】UCSC下载参考基因组http://hgdownload.soe.ucsc.edu
Files included in this directory:
mm10.2bit - contains the complete mouse/mm10 genome sequence
in the 2bit file format. Repeats from RepeatMasker and Tandem Repeats
Finder (with period of 12 or less) are shown in lower case; non-repeating
sequence is shown in upper case. The utility program, twoBitToFa (available
from the kent src tree), can be used to extract .fa file(s) from
this file.
A pre-compiled version of the command line tool can be
found at: http://hgdownload.cse.ucsc.edu/admin/exe/linux.x86_64/
See also:
http://genome.ucsc.edu/admin/git.html
http://genome.ucsc.edu/admin/jk-install.html
包含完整的鼠标/mm10基因组序列的2bit文件格式。
重复掩蔽器和串联重复发现者的重复(周期为12或更少)用小写表示;
非重复序列以大写字母表示。
实用程序twoBitToFa(可从kent src树获得)可用于从该文件提取.fa文件。
ChromeFa.tar.gz -
每条染色体在一个文件中的装配序列。
重复掩蔽器和串联重复发现者的重复(周期为12或更少)用小写表示;
非重复序列以大写字母表示。
下载链接：http://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenPath/mm10/bigZips/
我下载的有：
chromFa.tar.gz 2012-02-09 13:54 830M
mm10.2bit 2012-02-07 10:52 682M
mm10.fa.gz 2020-01-23 02:22 830M
【补充1】在UCSC首页Genomes栏中查看小鼠基因结构：
http://genome.ucsc.edu/index.html。
【补充2】UCSC可以链接到NCBI中的参考基因组&注释文件
【三】NCBI下载参考基因组&注释文件
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/52?genome_assembly_id=992563
下载的是download sequences in FASTA formot for genome.&download genome annotation in GFF.
【四】ensembl下载注释文件
http://ftp.ensembl.org/pub/release-103/gtf/mus_musculus/
我下载的是第三个文件：Mus_musculus.GRCm39.103.gtf.gz
【补充资料】
2021-03-24 周三
天马行空的坦克兵