功能特征
常见组蛋白修饰的功能、作用位点以及数据分析中信号呈现的峰形:
组蛋白修饰的功能大致分成两类:活化,对基因的转录表达起促进作用;阻遏,对基因的转录起抑制作用,典型的代表为H3K27me3。
组蛋白修饰的峰形特征也大致呈现为两类:Narrow和Broad,其中H3K9me3例外。宽峰形的组蛋白使用macs2做peakcalling时,添加--broad以便得到更符合实际情况的结果。
TSS双峰
H3K4me3和H3K27ac在TSS附近呈现双峰:
大部分组蛋白的结合位点富集在基因body、TSS、增强子等区域,数据信号呈现出尖峰或者宽峰,其中H3K4me3和H3K27ac的峰形较为特别,在TSS区域呈现出双峰的特征。
TSS双峰的原因:
许多基因在反义链方向上有不同的转录本,这些分化的转录本会被迅速降解。TSS上双峰的形成可能与该基因及其同源RNA(不同的转录物)相关,而两个峰之间的间隙代表nucleosome-free区。
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