ChIP-seq技术流程

      ChIP-seq，指的是结合位点分析法，作为研究体内蛋白质与DNA相互作用的研究方法。染色质免疫共沉淀技术（Chromatin Immunoprecipitation，ChIP）也称染色质免疫分析法，是研究体内蛋白质与DNA相互作用的有力工具，通常用于转录因子结合位点或组蛋白特异性修饰位点的研究。

       将ChIP与第二代测序技术相结合的ChIP-Seq技术，能够高效地在全基因组范围内检测与组蛋白、转录因子等互作的DNA区段。ChIP-Seq的原理是：首先通过染色质免疫共沉淀技术（ChIP）特异性地富集目的蛋白结合的DNA片段，并对其进行纯化与文库构建；然后对富集得到的DNA片段进行高通量测序。研究人员通过将获得的数百万条序列标签精确定位到基因组上，从而获得全基因组范围内与组蛋白、转录因子等互作的DNA区段信息。

实验流程

（1）甲醛交联整个细胞系（组织），即将目标蛋白与染色质连接起来；

（2）片段化染色质，用超声波将染色质打断成一定长度的小片段；

（3）添加与目标蛋白质特异结合的抗体，该抗体与目标蛋白形成免疫沉淀结合复合体；

（4）去交联，纯化DNA即得到抗体特异结合的DNA样本；

（5）将准备好的样本进行深度测序。

数据分析流程

 （1）测序数据质控；

 （2）与参考序列比对；

 （3）Peak calling，统计样品Peak信息（峰检测及计数、平均峰长度、峰长中位数）；

（4）统计样品Uniquely mapped reads在基因上、基因间区的分布情况及覆盖深度；

（5）给出每个样品Peak关联基因列表及GO和KEGG功能注释；

（5）在多个样品间，对Peak进行差异分析。

应用领域

（1）判断DNA链的某一特定位置是否发生某种组蛋白修饰；

（2）检测RNA polymerase II及其它反式因子在基因组上结合位点的精确定位；

（3）研究组蛋白共价修饰与基因表达的关系；

（4）转录因子结合位点研究。