conda管理生信软件一文就够

原创生信技能树生信技能树

conda下载miniconda安装miniconda配置镜像创建小环境查看小环境进入小环境查找软件安装软件指定软件安装版本更新软件查看已安装软件退出小环境移除小环境其他注意内容pip安装miniconda安装失败conda网络错误conda 安装软件经常冲突配置镜像出错总结更多组学环境

conda下载

直接在搜索引擎搜索 conda 清华，进入Anaconda | 镜像站使用帮助 | 清华大学开源软件镜像站 | Tsinghua…，找到“Miniconda 安装包可以到 https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/ 下载。”，点击下载页面，下载软件并安装。（miniconda是anaconda的轻量级替代，安装它就不用安装anaconda，miniconda的功能足够我们后续安装软件使用，不需要同时安装两个）

下载系统版本：

linux版本：如果是x86_64系统，请下载Miniconda2-**-Linux-x86_64.sh的最新版本
mac版本：登录终端，下载Miniconda2-***-MacOSX-x86_64.sh的最新版本，

这里Miniconda2和Miniconda3都可以，但是我们推荐使用Miniconda2。

如何寻找软件最新版本：根据时间戳来定义，比如今天是2019,2,27，目前软件的最新版本时间戳是2019-01-03

如何下载：找到最新时间戳的你需要的版本（如Miniconda2-latest-Linux-x86_64.sh)，右击，左击复制链接地址

下载最新版本的linux版示例：wget -c https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda2-latest-Linux-x86_64.sh

miniconda安装

安装最新版本的linux版示例：bash Miniconda2-latest-Linux-x86_64.sh,你可能会遇到下面的提示：

Please, press ENTER to continue
>>> 
# 此处直接点击enter即可

===================================
Miniconda End User License Agreement
===================================
.......
# 这里点击好几次空格键，直到出现下面行

Do you accept the license terms? [yes|no]
[no] >>> 
# 这里输入yes，点击enter
# 如果输入错误，比如输入yess，又删除不了，此时你应该按enter,重新输入yes即可

[/home/you/miniconda2] >>> 
# 遇到此处时，直接enter即可
# 这里的绝对路径是指miniconda2的安装路径

installation finished.
Do you wish the installer to initialize Miniconda2
in your /home/you/.bashrc ? [yes|no]
[no] >>> 
# 这里输入yes
# 刚开始学的人最好输入yes，目的是让conda自动给你配置环境变量
# 输入yes的结果是：~/.bashrc这里文件里最后几行多了conda的配置信息
# less ~/.bashrc,多出来的配置信息第一行如下：
# added by Miniconda2 4.5.12 installer
.......

Thank you for installing Miniconda2!
# 出现这个代表安装成功

# 执行下面语句
source ~/.bashrc
# 执行后，本身就是没有任何提示

conda --help
# 出现conda的帮助文档信息，即表明conda安装成功
# 这里很重要，不管安装什么软件，都要检测是否安装成功！
# 如下所示
usage: conda [-h] [-V] command ...

conda is a tool for managing and deploying applications, environments and packages.

Options:
......

# 继续调取conda子命令的帮助文档，如
conda create --help
conda install --help

miniconda配置镜像

因为conda安装软件类似R需要从就近的镜像里安装包一样，因此软件安装成功后，必须配置镜像；但是不同于R安装包，这里软件安装一次，只需要设置一次镜像，此后不需要再次设置！

当然，R语言也可以通过写配置文件，达到一次设置，永久使用镜像的目的。

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes

将上述语句，一句一句运行在linux命令行上，即复制一句，按一下enter键，原则上没有任何提示即为设置成功；配置信息保存在 ~/.condarc 里，cat ~/.condarc即可查看！

创建小环境

安装软件前，先设置一个小环境，不要直接在自己账户的当前环境内安装软件；

怎么理解这句话呢？比如你在家里的储藏室放了A东西，但是你还可以再放进去一个柜子，柜子里还可以继续储藏东西，这个柜子就类似一个小储藏室，一个小环境，并且储藏室的环境包含了这个柜子的环境~

你可以创建很多小环境名，有的小环境坏了，你不要就可以了，就好比柜子坏了，你可以扔了，但是如果你把自己账户环境折腾坏了，好比储藏室被你搞坏了，那恢复的代价就高了~~~

conda create -n rna
# 创建一个小环境名为rna

conda install python=2
# 安装python 2版本
# 以上两句话可以等同于一句命令：conda create -n rna python=2

查看小环境

conda info -e
conda info --envs
conda env list
# 都是来查看已经存在小环境名的

# 运行后如下：rna即为刚刚建立成功的小环境名

$ conda info -e
# conda environments:
#
base                  *  /home/you/miniconda2
rna                      /home/you/miniconda2/envs/rna

进入小环境

创建小环境后，安装软件前，一定要进入/激活小环境在安装，否则会安装到当前账户环境下。

source activate rna：激活小环境名为rna的环境

激活成功显示为：(rna) you 16:49:30 ~，用户名前多了(rna)

查找软件

从conda网页内查找：http://bioconda.github.io/conda-recipe_index.html
conda search PACKAGENAME：运行命令查找是否存在
推荐第一种；

安装软件

第一步：先从bioconda镜像查看软件名具体是什么？一个字母都不能错

第二步：conda install 软件名

第三步：成功调取软件帮助文档==确定安装成功

这里有点类似R包的安装，装后需要library()一下，才能确认安装成功

安装方法：conda install -y sra-tools trim-galore

参数解释：-y要不要均可，是问你同不同意安装，不要的时候，需要手动输入一个y，自己尝试后就理解了这句话含义；sra-tools trim-galore安装两款软件，默认安装最新版；注意 trim-galore 一个字都不能错，一个字都不能错，重要的事情说三遍！

指定软件安装版本

conda install numpy=1.11：即安装能模糊匹配到numpy版本为1.11

conda install numpy==1.11：即精确安装numpy为1.11的版本

Constraint type	Specification	Result
Fuzzy	numpy=1.11	1.11.0, 1.11.1, 1.11.2, 1.11.18 etc.
Exact	numpy==1.11	1.11.0
Greater than or equal to	"numpy>=1.11"	1.11.0 or higher
OR	"numpy=1.11.1\|1.11.3"	1.11.1, 1.11.3
AND	"numpy>=1.8,<2"	1.8, 1.9, not 2.0

更新软件

conda update conda：更新conda

conda update bwa：更新bwa；前提是已经安装成功bwa

查看已安装软件

conda list：在当前小环境下，列举所有安装软件。

示例：

source activate rna

conda list

列举rna小环境内安装的所有软件

退出小环境

conda deactivate: linux下conda退出小环境命令

移除小环境

conda env remove --name bio-env：删除小环境及里面的内容

其他注意内容

pip安装

先安装python，才能使用pip安装python的软件，如pip install multiqc

miniconda安装失败

删除安装目录，如果安装到了/home/you/miniconda2里，执行rm -r /home/you/miniconda2
删掉~/.bashrc最后几行conda写入的信息(# added by Miniconda2 4.5.12 installer下面几行一般都是)，如果没有# added by Miniconda2 4.5.12 installer的话，即表明conda配置的信息没写入成功

然后按照上述步骤重新安装！

conda网络错误

报错如下；

CondaHTTPError: HTTP 000 CONNECTION FAILED for url <https://conda.anaconda.org/bioconda/linux-64/homer-4.9.1-pl5.22.0_5.tar.bz2>
Elapsed: -

An HTTP error occurred when trying to retrieve this URL.
HTTP errors are often intermittent, and a simple retry will get you on your way.

实际上，我已经设置好了镜像

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes
conda config --show
conda install -y -c bioconda homer

人为指定channel 可以解决bug

conda install -y -c https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda homer

conda 安装软件经常冲突

事实上不可能有十全十美的工具，conda非常简易的管理了多个软件流程，那么必然也会有解决不了的事情，必然同一个流程的两个python软件基于不同版本的python包，就尴尬了。

Solving environment: failed

UnsatisfiableError: The following specifications were found to be in conflict:
  - rsem
Use "conda info <package>" to see the dependencies for each package.

没什么好的办法，只能说把冲突的工具安装到不同的子环境。

Solving environment: failed

PackagesNotFoundError: The following packages are not available from current channels:

  - salmon
  - boost=1.64
  - salmon
  - libcxx==4.0.0

配置镜像出错

conda: command not found
# 表明环境变量里找不到conda这个软件
# 出错原因：.bashrc里没有配置conda的PATH或者配置过但是没有source ~/.bashrc
# 检验方法：运行echo $PATH，查看是否含有conda安装路径

Warning: 'https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge' already in 'channels' list, moving to the top
# 表明之前已经运行过这句代码

# 复制镜像配置语句时复制错误，需要重新配置时，需要删除镜像配置文件
rm ~/.condarc 
# 然后重新配置，参考miniconda配置镜像

总结

一步安装conda并且配置好一个ngs组学环境

wget -c https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda2-latest-Linux-x86_64.sh
# miniconda2软件下载成功

bash Miniconda2-latest-Linux-x86_64.sh
# 遇到yes/no输入yes，其他直接enter搞定
source ~/.bashrc
conda --help
# miniconda2安装成功，并成功配置好环境变量

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes
# 配置镜像成功

conda create -n rna python=2
# 创建小环境成功，并成功安装python2版本
# 每建立一个小环境，都要装一个python=2的软件作为依赖

source activate rna
# 成功激活进入小环境，即可安装软件

conda install -y fastqc
# 出现三个done,即表示安装成功，否则重新提交命令
fastqc --help
# 成功出现帮助文档，fastqc软件安装成功

conda install -y sra-tools
# 出现三个done,即表示安装成功，否则重新提交命令
prefetch --help
# 成功出现帮助文档，sra-tools软件安装成功
# 安装什么软件，并不等于调用什么命令--help

source deactivate
# 成功退出rna小环境
# 或直接退出当前账户