R语言绘图：28个实用程序包

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# 本文以字母顺序排序程序包

# 更多用于R语言绘图的程序包，欢迎在留言区补充

开发

Sebastian Jeworutzki，

sebastian.jeworutzki@ruhr-uni-bochum.de；

Timothee Giraud；

Nicolas Lambert；

Roger Bivand；

Edzer Pebesma

示例

# 安装并加载包

install.packages("maptools")

library(maptools)

# 绘制非洲边界

data(wrld_simpl)

afr=wrld_simpl[wrld_simpl$REGION==2,]

plot(afr)

# 安装并加载包

install.packages("cartogram")

library(cartogram)

# 使用2005年的非洲人口数据

afr_cartogram <- cartogram(afr, "POP2005", itermax=5)

# 反映非洲人口特征

plot(afr_cartogram)

开发

Zuguang Gu，

z.gu@dkfz.de

示例

# 安装并加载包

install.packages("circlize")

library(circlize)

# 生成数据

name=c(3,10,10,3,6,7,8,3,6,1,2,2,6,10,2,3,3,10,4,5,9,10)

feature=paste("feature ", c(1,1,2,2,2,2,2,3,3,3,3,3,3,3,4,4,4,4,5,5,5,5) , sep="")

dat <- data.frame(name,feature)

dat <- with(dat, table(name, feature))

# 绘制弦图

chordDiagram(as.data.frame(dat), transparency = 0.5)

开发

LiLin-Yin

ylilin@163.com

示例

# 安装并加载包

install.packages("CMplot")

library("CMplot")

# 绘图

data(pig60K)                        

CMplot(pig60K[sample(1:nrow(pig60K), 10000),c(1:4)],plot.type="c",threshold=c(0.01,0.05)/nrow(pig60K),threshold.col=c('red','orange'),multracks=FALSE, chr.den.col=NULL, file.output = F)

开发

Kevin Wright，

kw.stat@gmail.com

示例

# 安装并加载包

install.packages("iterators")

install.packages("corrgram")

library(iterators)

library(corrgram)

# 绘制相关系数矩阵图

corrgram(mtcars, order=TRUE, lower.panel=panel.shade, upper.panel=panel.pie,text.panel=panel.txt, main="Correlogram of mtcar intercorrelations")

开发

Taiyun Wei，

weitaiyun@gmail.com；

Viliam Simko，

viliam.simko@gmail.com

示例

# 安装并加载包

install.packages("corrplot")

library(corrplot)

# 计算相关系数

mycor <- cor(mtcars)

# 绘制相关系数矩阵图

corrplot.mixed(mycor, upper = "ellipse")

开发

Dan Vanderkam；

JJ Allaire，

jj@rstudio.com；

Jonathan Owen；

Daniel Gromer；

Petr Shevtsov；

Benoit Thieurmel

示例

# 安装并加载包

install.packages("dygraphs")

library(dygraphs)

# 时间序列

data=data.frame( time=c( seq(0,20,0.5), 40), value=runif(42))

str(data)

dygraph(data)

开发

Duncan Murdoch，

murdoch@stats.uwo.ca；

E. D. Chow

示例

# 安装并加载包

install.packages("ellipse")

library(ellipse)

# 绘制相关系数矩阵图

data(mtcars)

fit <- lm(mpg ~ ., mtcars)

plotcorr(summary(fit, correlation = TRUE)$correlation)

开发

Minato Nakazawa

minato-nakazawa@umin.net

示例

# 安装并加载包

install.packages("fmsb")

library(fmsb)

# 生成数据

data=as.data.frame(matrix( sample( 2:20 , 10 , replace=T) , ncol=10))

colnames(data)=c("math" , "english" , "biology" , "music" , "R-coding", "data-viz" , "french" , "physic", "statistic", "sport" )

data=rbind(rep(20,10) , rep(0,10) , data)

# 雷达图参数设置

radarchart(data,axistype=1,pcol=rgb(0.2,0.5,0.5,0.9),pfcol=rgb(0.2,0.5,0.5,0.5), plwd=4, cglcol="grey", cglty=1, axislabcol="grey", caxislabels=seq(0,20,5), cglwd=0.8,vlcex=0.8)

开发

Rob J Hyndman，

Rob.Hyndman@monash.edu

示例

# 安装并加载包

install.packages("forecast")

library(forecast)

# 使用英国每月死于肺病的人数数据

fit<- auto.arima(mdeaths)

# 设置置信区间

forecast(fit, level=c(80, 95, 99), h=3)

# 绘制时间序列趋势图

plot(forecast(fit), shadecols="oldstyle")

开发

Barret Schloerke，

schloerke@gmail.com；

Jason Crowley，

crowley.jason.s@gmail.com；

Di Cook，

dicook@monash.edu；

Heike Hofmann，

hofmann@iastate.edu；

Hadley Wickham，

h.wickham@gmail.com；

Francois Briatte，

f.briatte@gmail.com；

Moritz Marbach，

mmarbach@mail.uni-mannheim.de；

Edwin Thoen，

edwinthoen@gmail.com；

Amos Elberg，

amos.elberg@gmail.com；

Joseph Larmarange，

joseph@larmarange.net

示例

# 安装并加载包

install.packages("GGally")

library(GGally)

# 绘制相关系数矩阵图

ggpairs(mtcars, columns = c("mpg", "cyl", "disp"),upper = list(continuous = wrap("cor", size = 10)), lower =list(continuous = "smooth"))

开发

Hadley Wickham，

hadley@rstudio.com；

Winston Chang，

winston@rstudio.com

示例

# 安装并加载包

install.packages("ggplot2")

library(ggplot2)

# 生成数据

variety=rep(LETTERS[1:7], each=40)

treatment=rep(c("high","low"),each=20)

note=seq(1:280)+sample(1:150, 280, replace=T)

data=data.frame(variety, treatment ,  note)

# 绘制箱线图

ggplot(data, aes(x=variety, y=note, fill=treatment)) +

geom_boxplot()

# 生成数据

set.seed(345)

Sector <- rep(c("S01","S02","S03","S04","S05","S06","S07"),times=7)

Year <- as.numeric(rep(c("1950","1960","1970","1980","1990","2000","2010"),each=7))

Value <- runif(49, 10, 100)

data <- data.frame(Sector,Year,Value)

# 绘制区域图

ggplot(data, aes(x=Year, y=Value, fill=Sector)) +

    geom_area()

# 安装并加载包

install.packages("plotly")

install.packages("gapminder")

library(plotly)

library(gapminder)

# 绘制气泡图

p <- gapminder %>%

  filter(year==1977) %>%

  ggplot( aes(gdpPercap, lifeExp, size = pop, color=continent)) +

  geom_point() +

  scale_x_log10() +

  theme_bw()

ggplotly(p)

开发

Claus O. Wilke，

wilke@austin.utexas.edu

示例

# 安装并加载包

install.packages("ggridges")

install.packages("ggplot2")

library(ggridges)

library(ggplot2)

# 使用钻石数据

head(diamonds)

# 绘制叠嶂图

ggplot(diamonds, aes(x = price, y = cut, fill = cut)) +

  geom_density_ridges() +

  theme_ridges() +

  theme(legend.position = "none")

开发

Dan Carr，

dcarr@voxel.galaxy.gmu.edu；

Nicholas Lewin-Koh；

Martin Maechler，

maechler@stat.math.ethz.ch；

Deepayan Sarkar，

deepayan.sarkar@r-project.org

示例

# 安装并加载包

install.packages("hexbin")

install.packages("RColorBrewer")

library(hexbin)

library(RColorBrewer)

# 生成数据

x <- rnorm(mean=1.5, 5000)

y <- rnorm(mean=1.6, 5000)

# 绘制二维散点图

bin<-hexbin(x, y, xbins=40)

my_colors=colorRampPalette(rev(brewer.pal(11,'Spectral')))

plot(bin, main="", colramp=my_colors, legend=F)

示例

# 安装并加载包

install.packages("igraph")

library(igraph)

# 生成数据

data=matrix(sample(0:1, 400, replace=TRUE, prob=c(0.8,0.2)), nrow=20)

network=graph_from_adjacency_matrix(data , mode='undirected', diag=F )

# 输出网络

par(mfrow=c(2,2), mar=c(1,1,1,1))

plot(network, layout=layout.sphere, main="sphere")

开发

Deepayan Sarkar，

Deepayan.Sarkar@R-project.org

示例

# 安装并加载包

install.packages("lattice")

library(lattice)

# 查看火山数据

head(volcano)

# 绘制火山的三维等高线图

contourplot(volcano)

# 绘制火山的三维水平图

levelplot(volcano)

# 绘制火山的三维线框图

wireframe(volcano)

# 查看汽车数据

head(mtcars)

# 绘制箱线图

bwplot(mtcars$mpg)

# 绘制平行坐标图

parallelplot(mtcars[1:3])

# 绘制散点图矩阵

splom(mtcars[c(1,3,4,5)])

# 绘制带状图

stripplot(mtcars$mpg~factor(mtcars$cyl))

开发

Joe Cheng，

joe@rstudio.com；

Bhaskar Karambelkar；

Yihui Xie；

Hadley Wickham；

Kenton Russell；

Kent Johnson；

Barret Schloerke；

Vladimir Agafonkin；

Brandon Copeland；

Joerg Dietrich；

Benjamin Becquet；

Norkart AS；

L. Voogdt；

Daniel Montague；

Kartena AB；

Robert Kajic；

Michael Bostock

示例

# 安装并加载包

install.packages("leaflet")

library(leaflet)

# 交互式地图

m=leaflet()

m=addTiles(m)

m

开发

Jason Bryer，

jason@bryer.org；

Kimberly Speerschneider

kimkspeer@gmail.com

示例

# 安装并加载包

install.packages("likert")

library(likert)

# 使用PISA量表数据

data(pisaitems)

items28 <- pisaitems[, substr(names(pisaitems), 1, 5) == "ST24Q"]

# 绘制条形图

l28 <- likert(items28)

summary(l28)

plot(l28)

开发

Richard A. Becker；

Allan R. Wilks；

Ray Brownrigg

示例

# 安装并加载包

install.packages("maps")

install.packages("geosphere")

library(maps)

library(geosphere)

# 绘制世界地图

map("world")

开发

Roger Bivand，

Roger.Bivand@nhh.no；

Nicholas Lewin-Koh；

Edzer Pebesma；

Eric Archer；

Adrian Baddeley；

Nick Bearman；

Hans-Jörg Bibiko；

Steven Brey；

Jonathan Callahan；

German Carrillo；

Stéphane Dray；

David Forrest；

Michael Friendly；

Patrick Giraudoux；

Duncan Golicher；

Virgilio Gómez Rubio；

Patrick Hausmann；

Karl Ove Hufthammer；

Thomas Jagger；

Kent Johnson；

Sebastian Luque；

Don MacQueen；

Andrew Niccolai；

Edzer Pebesma；

Oscar Perpiñán Lamigueiro；

Tom Short；

Greg Snow；

Ben Stabler；

Murray Stokely；

Rolf Turner

示例

# 安装并加载包

install.packages("maptools")

library(maptools)

# 绘制非洲边界

data(wrld_simpl)

afr=wrld_simpl[wrld_simpl$REGION==2,]

plot(afr)

开发

Brian G. Peterson，

brian@braverock.com；

Peter Carl

示例

# 安装并加载包

install.packages("PerformanceAnalytics")

library(PerformanceAnalytics)

# 列出待计算变量

mydata <-mtcars[c('mpg','cyl','disp','hp','drat')]

# 绘制相关系数矩阵图

chart.Correlation(mydata, histogram=TRUE, pch=19)

开发

Carson Siever，

cpsievert1@gmail.com；

Chris Parmer，

chris@plot.ly；

Toby Hocking，

tdhock5@gmail.com；

Scott Chamberlain，

myrmecocystus@gmail.com；

Karthik Ram，

karthik.ram@gmail.com；

Marianne Corvellec，

marianne@plot.ly；

Pedro Despouy，

pedro@plot.ly

示例

# 安装并加载包

install.packages("plotly")

library(plotly)

# 查看火山数据

head(volcano)

# 绘制火山的三维交互图

p=plot_ly(z = volcano, type = "surface")

p

开发

Luca Scrucca，

luca.scrucca@unipg.it；

Greg Snow，

greg.snow@ihc.com；

Peter Bloomfield，

Peter_Bloomfield@ncsu.edu

示例

# 安装并加载包

install.packages("qcc")

library(qcc)

# 均值为10的序列，加上白噪声

x <- rep(10, 100) + rnorm(100)

# 测试序列，均值为11

new.x <- rep(11, 15) + rnorm(15)

# 标记出新的点

qcc(x, newdata=new.x, type="xbar.one")

开发

Stephen Turner

示例

# 安装并加载包

install.packages("qqman")

library(qqman)

# 使用gwasResults数据绘制曼哈顿图

manhattan(gwasResults, chr="CHR", bp="BP", snp="SNP", p="P" )

开发

Dawei Lang，

dawei.lang@supstat.com

示例

# 安装并加载包

install.packages("devtools")

install_github("lchiffon/REmap")

library(devtools)

library(REmap)

# 标注起始点

origin<-c("济南","西安","成都")

destination<-c("西安","成都","济南")

# 制作迁徙地图

dat = data.frame(origin,destination)

out = remap(dat,title = "after-graduation trip ",subtitle= "zg434")

plot(out)

开发

Uwe Ligges，

ligges@statistik.tu-dortmund.de；

Martin Maechler；

Sarah Schnackenberg

示例

# 安装并加载包

install.packages("scatterplot3d")

library(scatterplot3d)

# 生成数据

x1=round(rnorm(100,mean=80,sd=1))

x2=round(rnorm(100,mean=80,sd=5))

x3=round(rnorm(100,mean=80,sd=10))

x=data.frame(x1,x2,x3)

# 绘制三维散点图

scatterplot3d(x[1:3])

开发

Greg Snow，

538280@gmail.com

示例

# 安装并加载包

install.packages("TeachingDemos")

library(TeachingDemos)

# 生成数据

x1=round(rnorm(100,mean=80,sd=1))

x2=round(rnorm(100,mean=80,sd=5))

x3=round(rnorm(100,mean=80,sd=10))

x=data.frame(x1,x2,x3)

# 绘制脸谱图

faces(x)

开发

Martijn Tennekes，

mtennekes@gmail.com

示例

# 安装并加载包

install.packages("treemap")

library(treemap)

# 生成数据

group=c("group-1","group-2","group-3")

value=c(13,5,22)

data=data.frame(group,value)

# 绘制树图

treemap(data, index="group", vSize="value", type="index")

开发

Daniel Adler，

dadler@uni-goettingen.de；

Romain Francois，

francoisromain@free.fr

示例

# 安装并加载包

install.packages("vioplot")

library(vioplot)

# 生成数据

treatment=c(rep("A", 40) , rep("B", 40) , rep("C", 40) )

value=c( sample(2:5, 40 , replace=T) , sample(c(1:5,12:17), 40 , replace=T), sample(1:7, 40 , replace=T) )

data=data.frame(treatment,value)

# 绘制小提琴图

with(data , vioplot( value[treatment=="A"] , value[treatment=="B"], value[treatment=="C"],  col=rgb(0.1,0.4,0.7,0.7) , names=c("A","B","C") ))