《转录组上游分析教程》,这个系列教程，在公众号中会一直更新结束。

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往期文章：

• 1.课程介绍
• 2.第一章 Linux基础
• 3.第一章 生信软件安装
• 4.第二章 转录组数据的下载
• 5.第三章 参考基因组序列和注释文件的下载
• 5.转录组上游分析教程 | 第四章 数据过滤

第四章

4.2 Hisat2进行数据比对

官网：https://daehwankimlab.github.io/hisat2/，该软件的运行速度是Tophat的N倍之多，所需的服务器资源较少

所需软件：

1. hisat2
2. stringTie
3. samtools
4. gffcompare

以上软件都可以直接使用conda安装，或直接使用源码安装即可，源码安装最好添加路径。

软件安装：1. Hisat2安装

• conda安装

conda install -y hisat2

• 源码安装

下载网址：http://ccb.jhu.edu/software/hisat/index.shtml

## 下载后上传即可
## 网址：https://daehwankimlab.github.io/hisat2/download/#version-hisat2-221
unzip hisat2.2.1-Linux-x86.zip
cd hisat2.2.1-Linux-x86
## 配置环境变量
echo 'PATH=$PATH:~/software/hisat2.2.1-Linux-x86/bin'

2. Stringtie安装

Stringtie网址：http://ccb.jhu.edu/software/stringtie/index.shtml?t=manual

• conda安装

conda install -y stringtie

• 源码安装

wget http://ccb.jhu.edu/software/stringtie/dl/stringtie-2.2.1.Linux_x86_64.tar.gz
tar -zxvf stringtie-2.2.1.Linux_x86_64.tar.gz
cd stringtie-2.2.1.Linux_x86_64
## 配置环境变量
echo 'PATH=$PATH:~/software/stringtie-2.2.1.Linux_x86_64'

Hisat2+strigtie分析流程不通过Stringtie组装，直接使用Stringtie -eB进行定量。3. gffcompare安装

网址：http://ccb.jhu.edu/software/stringtie/gff.shtml#gffcompare

• conda安装

  conda install -y gffcompare
  

• 源码安装

  wget http://ccb.jhu.edu/software/stringtie/dl/gffcompare-0.12.6.tar.gz
  tar -zxvf gffcompare-0.12.6.tar.gz
  cd gffcompare-0.12.6
  ## 添加环境变量
  echo 'PATH=$PATH:~/software/gffcompare-0.12.6'
  

• git clone

网址：https://github.com/gpertea/gffcompare

git clone https://github.com/gpertea/gffcompare
cd gffcompare
make release

4. samtools 安装

• conda安装

conda install -y samtools

• 源码安装

网址：https://github.com/samtools/samtools

## samtools
wget https://github.com/samtools/samtools/releases/download/1.16.1/samtools-1.16.1.tar.bz2
tar -jxf samtools-1.16.1.tar.bz2
cd samtools-1.16.1
./configure --prefix=/where/to/install
make
make install
echo 'PATH=$PATH:~/softwar/samtools-1.16.1/' >> ~/.bashrc

Hisat2+StringTie流程

可以直接参考软件文献，讲的非常详细：

Transcript-level expression analysis of RNA-seq experiments with HISAT, StringTie and Ballgown, 2016, Nat Protoc