「本系列教程内容大纲」

目录

• 第三章 参考基因组序列和注释文件的下载

• 3.1 有独立的网站基因组文件下载

• 3.2 NCBI 中下载基因组文件

• 3.3 注释文件gtf格式和gff格式

• GTF格式与GFF的之间的转换

第三章 参考基因组序列和注释文件的下载

前面三天的教程，我们学习《转录组的上游分析》第一章节和第二节的内容。本系列教程前面三章的内容都算是比较基础的知识，但是，也是我们必须所了解的。

3.1 有独立的网站基因组文件下载

• 大部分的作物有自己基因组注释网址，我们需要自己的去寻找

模式植物中，拟南芥、番茄、 烟草等都有自己的基因组网址。

茄科类作物基因组：https://solgenomics.net/organism/solanum_lycopersicum/genome

这仅仅只是我们举的其中一个例子，具体的参考基因组网址你需要自己查询。自己对于自己做的这块的网址应该是很熟悉的，我们这里就不多做讲解。

我们点击，Tomato就可以进入到我们的网址界面，如下图所示。

这里显示了，Tomato最新的参考基因组序列和注释文件（SL 4.0和ITAG4.0），以及也有JBrowse等工具链接。进入对应的网址，即可下载参考基因fa文件和注释文件（gtf或gff格式）

• 基因组FA格式

注释文件

• gff格式

• gtf格式

3.2 NCBI 中下载基因组文件

• 如果自己的物种基因组没有单独的网址，如何做呢？

可以根据NCBI中进行下载

步骤：