《转录组上游分析教程》,这个系列教程，在公众号中会一直更新结束。

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往期文章：

• 1.课程介绍
• 2.第一章 Linux基础
• 3.第一章 生信软件安装
• 4.第二章 转录组数据的下载
• 5.第三章 参考基因组序列和注释文件的下载
• 6.转录组上游分析教程 | 第四章 数据过滤
• 7.第四章 Hisat2进行数据比对
• 8.第四章 Bowtie2进行数据比对
• 9.第四章 BWA进行数据比对

4.5 Tophat2的比对

Tophat也是我们的比较常用的转录组比对软件，Tophat2是tophat的升级版。tophat通过调用Bowtie2将reads比对到参考基因组中。

Tophat+Cufflinks是一套完整的分析流程，与Hisat2+StringTie流程一致。但是Tophat2需要运行的资源较多，运行速度较慢。

Tophat与Bowtie相比，能跨越intron的reads进行剪切性的比对。

Differential gene and transcript expression analysis of RNA-seq experiments with TopHat and Cufflinks - PubMed (nih.gov)

注意：Tophat已经进入一个低维护的状态，建议还是用Hisat2分析流程。

4.5.1 Tophat的安装

Tophat2的分析流程主要需要安装一下几个包：

Tophat2
samtools
Bowtie2
cuffinks

1. 直接使用conda进行安装

conda install -y tophat2 
conda install -y samtools 
conda install -y bowtie2
conda install -y cufflinks

2. 使用源码安装

## tophat
wget http://ccb.jhu.edu/software/tophat/downloads/tophat-2.1.1.Linux_x86_64.tar.gz
tar -zxvf tophat-2.1.1.Linux_x86_64.tar.gz
echo 'PATH=$PATH:~/softwar/tophat-2.1.1.Linux_x86_64/' >> ~/.bashrc
---
## samtools
wget https://github.com/samtools/samtools/releases/download/1.16.1/samtools-1.16.1.tar.bz2
tar -jxf samtools-1.16.1.tar.bz2
cd samtools-1.16.1
./configure --prefix=/where/to/install
make
make install
echo 'PATH=$PATH:~/softwar/samtools-1.16.1/' >> ~/.bashrc
---
## 安装cufflinks
## 下载不同版本的网址：http://cole-trapnell-lab.github.io/cufflinks/install/
wget http://cole-trapnell-lab.github.io/cufflinks/assets/downloads/cufflinks-2.2.1.Linux_x86_64.tar.gz
tar -zxvf cufflinks-2.2.1.Linux_x86_64.tar.gz
cd cufflinks-2.2.1.Linux_x86_64
echo 'PATH=$PASTH:~/softwar/cufflinks-2.2.1.Linux_x86_64'  >> ~/.bashrc

Tophat2+Cufflinks分析流程

4.5.2 Tophat2构建index