今天开始 跟着Nature Communications学画图 系列第一篇。学习用R语言的基础绘图函数画箱线图。

对应的 Nature Communications 的论文是Fecal pollution can explain antibiotic resistance gene abundances in anthropogenically impacted environments

数据和代码链接是 https://github.com/karkman/crassphage_project

今天学习这幅截图中用红色方框圈住的箱线图

用到的数据是data文件夹下的HMP.txt文件。

第一步是读入数据

HMP <- read.table("data/HMP.txt")

查看数据维度

dim(HMP)

这个数据集里有449行，10列

做箱线图用到的数据是 rel_crAss 和 country，country是分类变量，rel_crAss是连续变量，画图的时候对这个数值进行了log10转换

基础绘图函数画箱线图用boxplot()函数。直接指定数据集和变量就可以了

先尝试一下用原始数据即不做log10转换画箱线图

boxplot(rel_crAss~country,data=HMP)

可以看到，不做log10转换其中一组数据方差较大的话另外的数据箱子压缩的就很扁，看起来可能不太好看。

log10转换的数据画图

boxplot(log10(rel_crAss)~country,data=HMP)

接下来是对图进行美化

首先是填充颜色，用到的是col参数

boxplot(log10(rel_crAss)~country,data=HMP,
        col=c("red","blue","green"))

现在是垂直显示，将其改为水平显示，用到的是horizontal = TRUE参数

boxplot(log10(rel_crAss)~country,data=HMP,
        col=c("red","blue","green"),
        horizontal = TRUE)

去掉坐标轴的边框，加 axes=F参数

boxplot(log10(rel_crAss)~country,data=HMP,
        col=c("red","blue","green"),
        horizontal = TRUE,
        axes=F)

自定义添加一个Y轴

boxplot(log10(rel_crAss)~country,data=HMP,
        col=c("red","blue","green"),
        horizontal = TRUE,
        axes=F)
axis(2, at=1:3, labels=c("China", "Europe", "US"), las=0)

给图片添加一个标题

boxplot(log10(rel_crAss)~country,data=HMP,
        col=c("red","blue","green"),
        horizontal = TRUE,
        axes=F)
axis(2, at=1:3, labels=c("China", "Europe", "US"), las=0)
title("A", adj = 0, line = 1)

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