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热图绘制篇 | 高颜值热图总汇

小杜的生信筆記
2023年07月07日 00:03

前言

热图是我们平时最最常用的图形，我们的教程中也有发布了好几个。今天，又又看到基迪奥平台发布了交互热图的绘制，以前就发布过，只是使用AI来绘制。就在前面两天，自己刚好也绘制了类似的图形，就是类似的图形发出来后，很多人还是比较喜欢使用该模式的图形。

那就随便总结一下，图绘制的教程吧。

总之，人嘛。看到喜欢的东西，总是会点击收藏。但是，收藏后时间一长，也就会遗忘掉。我们只有不断重复性的看，才可以记住。使用的时候，才会知道在什么地方可以找到。

OK。开始是我们今天的内容吧。

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一、常规热图

## 导入R包library(pheatmap)
## 提取差异基因的表达量DEG_id <- read.csv("all.diffsig.csv", header = T)  # 读取差异基因的文件head(DEG_id)## 匹配差异基因的表达量DEG_id <- unique(DEG_id$X)DEG_exp <- df[DEG_id,]hmexp <- na.omit(DEG_exp)
## 样本注释信息 annotation_col <- data.frame(Group = factor(c(rep("Treat", 66), rep("CK",148))))rownames(annotation_col) <- colnames(hmexp)
##  绘制热图 pdf(file = "heatmap02.pdf", height = 8, width = 12)pheatmap(hmexp,              annotation_col = annotation_col,              color = colorRampPalette(c("green","black","red"))(50),              cluster_cols = F,              show_rownames = F,              show_colnames = F,              scale = "row", ## none, row, column              fontsize = 12,              fontsize_row = 12,              fontsize_col = 6,              border = FALSE)print(p)dev.off()


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二、相对复杂的常规热图

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三、显示指定基因的热图

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四、多组差异基因富集分析结果聚类热图

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五、组间相关性分析热图

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六、绘制带有“正负号”标记的热图

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七、绘制按聚类结果分组的热图

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八、热图+差异气泡（log2FC+Pvalue）组合图表

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九、进化树与热图组合图

这组合图很容易，其实就是两个图绘制后使用AI进行组合，热图可以使用本教程任意一个即可。

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十、模块热图+GO功能富集组合图

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十一、复杂的互作热图（纯代码实现）

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十二、复杂的互作热图（代码+AI）

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十三、相关性热图

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十四、ComplexHeatmap绘制热图

第一次搜到，值得推荐！

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第十五、时序热图

目前，这个包已经更新了好几版，功能也更多。

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第十六、环状热图

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最后

今天罗列的教程内容很多，就看自己如何来选择，教程只是我们指导的资料，最终的成图还是得靠我们自己。

对于画图，一方面是模仿，一方面是创新。

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如果你有好看的热图绘制教程，可以分享出来！在本推文留言即可。

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「1. 最全WGCNA教程（替换数据即可出全部结果与图形）」

「2. 精美图形绘制教程」

「3. 转录组分析教程」

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