用健明的话来说，学习Python会纠结要不要学perl，但是最不应该纠结的是R语言，必学！

估计很多朋友到现在也没有安装过R语言，即使下载了R语言也没有配置一个趁手的R语言环境。 今天我们就来搞一搞。

第一部分

下载R语言

 https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/

选择自己喜欢的机器，实际上就是你是win就选win，是mac就选mac

再点这个

然后就是下载后无脑安装。可以选择一个大一点的盘，也可以不用管。

第二部分

下载Rstudio 

https://www.rstudio.com/products/rstudio/download/

依然是根据喜好选版本

一顿无脑安装后我们点开Rstudio。依次点开

在这个界面分别设置pakage和外观

pakage的地方选择清华镜像源啊，外观根据自己的需要，我不喜欢屏幕太亮，就调成黑色主题。一下看起来有点像模像样了。

其实在这里，如果我们有点耐心，还可以看看高远老师的做法。 https://www.gaoyuan.name/20180709-chineseuser/

这是一篇熊文，标题风格很强硬： R 安装升级后的若干规定动作

我们手把手来搞一搞，打开Rstudio，依次操作，这新建了一个空的脚本

在里面输入,

file.edit('~/.Renviron')

点击run,会进入一个空白的文本，在里面填写,这个 D:/Rlib表示，以后所有的R包装到这个目录。 关闭这个文件，并保存。

R_LIBS_USER="D:/Rlib"

第二个操作来了,在之前那个 file.edit('~/.Renviron')下面输入

file.edit('~/.Rprofile')

点击RUn，在弹出的界面输入，关闭这个文件，保存

options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")
#bioconductor
options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/",
 CRANextra = "http://www.stats.ox.ac.uk/pub/RWin"))
#cran

注意每次点run的时候，先确定光标在要运行的命令同一行，以下都一样。

第三个操作：

安装 BiocInstaller 安装了之后有什么好处呢， 可以解决这个帖子里面的问题 如何解决 bioconductor 下载困难问题

把这个文件下载到本地并打开https://bioconductor.org/biocLite.R 在开头加上这 两行,原贴高远老师在这里多了个options

options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")
#bioconductor
options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/",
 CRANextra = "http://www.stats.ox.ac.uk/pub/RWin"))
#cran

把这个biocLite.R文件复制到R当前的工作环境下面，如果不知道可以通过这个方式获得：

getwd()

运行这个命令

source("biocLite.R")
BiocInstaller::biocLite()

稍等片刻，如果下面是否需要提示升级字样，输入n然后enter即可。

下面的操作参看高远老师的帖子即可。

从现在开始，我们按照R包的方式就是这个样的 如果是Rcan上的包，直接安装，比如神包tidyverse

install.packages("tidyverse")

如果是bioconductor上的包，比如GEO芯片的差异分析包limma

BiocInstaller::biocLite("limma")

而且，注意，以后都不用source，直接运行即可！

速度快到飞起，轻松加愉快。

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