教师节献礼 - 文章用图的修改和排版

原创陈同生信宝典

一年一度的教师节到了，首选祝愿各位老师节日快乐。在科研领域，对老师最好的献礼就是就是不辜负老师的教诲，做出好的科研工作，获得有价值的科研成果。成果发表是科研过程中不可缺的一部分，发表成果又少不了图形展示。文章图表排版是否整齐规范、协调一致、重点突出对一篇文章的发表也是有不少贡献的。此外做科研的人都爱看脸，文章中的图表是重要的颜面之一。生信宝典系列文章中，R作图也是受到最多欢迎的一部分。

记得上学期间，看别人的图，就一直好奇是怎么拼出来的，尤其是怎么保证图形中字体的大小一致的。如果是统一用R画图，也许可以实现这一点，设置一样的字体、一样的长宽，这样只要图形缩放比例一致，字体理论上也一致。但不同的图有不同的边缘设置，实际操作起来，却也不总是顺利。高手们，比如推出生信宝典傻瓜系列的海哥擅用PPT进行修改排版，我学了下，没学会。后来查阅资料，发现有这么一款工具看上去还可以，Adobe Illustrator简称AI，翻译成汉语就是人工智能。

著名的Adobe公司出品，应该都不陌生，照片拍出来是不是好看，有他家Photoshop不少的功劳。试用后（买不起，也只能用试用版；如果有钱，还是推荐购买正版，维护原作者的权益），发现果然很强大。

矢量图的任何一个地方都可以挑出来修改，某个边框不好看，删掉；线条的粗细不统一，设置成一样的；某条线的颜色想重点突出下，单独修改 (这部分最好还是在画图时就修改好，会更协调，当然AI也没问题)；图中有了多余的元素，删掉；添加文字、设置成统一字体、统一大小更没问题；画个简单的模式图，没问题；不同的子图拼在一起，没问题；自此，再也不愁文章的拼图了。犯愁的是，没有好结果，无图可拼。

看看自己没戏了，还是把自己会的这点操作贡献出来，希望能给科研大牛们的工作尽一点绵薄之力。

第一个视频以绘制的线图为例，展示如果修改、调整矢量图的每个部分。ggplot2出品的矢量图整体逻辑比较清晰，一层层的叠加，修改起来也比较方便，没有太多难点；关键是熟悉用到的按钮的使用方式和快捷键的操作。

第二个视频以UCSC绘制的测序峰图为例，展示如何对稍微复杂一些的图进行修改、删除多余内容。

第三个视频是剪切蒙版的使用和针对其它不同类型图的特殊操作。

`Adobe Illustrator`中的基本概念和操作描述

编组：性质相似或者需要同时修改的部分可以编为一组，方便处理。双击一组内容，就可以进入编组内部，对编组的每个元素修改；并且编组外的元素处屏蔽状态，操作起来不会受到干扰。
剪切蒙版：如果想剪切掉图中的某一部分，可以绘制一个矩形、圆形或任意不规则形状覆盖住需要保留的部分，然后同时选中这两个元素（绘制的形状框在被剪切的图之上），按右键，选择剪切蒙版，就可以完成剪切操作。而在修改图时，也可以不断的释放剪切蒙版，方便对不同图层的操作。
直接选择工具：可以无视编组和剪切蒙版，对选中并且只是选中的部分进行操作。这在删除多余的内容和边框时会经常用到。
魔棒工具：选择类似属性的组分，统一操作。
吸管工具：给一个组分赋予另一个组分的属性。
对齐工具：用于组分的对齐和分布，在设置坐标轴的标记文字时很有用，省去了一个个手动对齐的操作。只要对齐两端，按一下按钮中间的内容就自动与刻度线对齐了。
其它的就靠大家不断的尝试、体验、操作了。多选、多点、多查，慢慢就都熟练了。