今天是生信星球陪你的第3天

  　 你想找辆共享单车，发现满街都是别家车，没有一辆你能骑。

　　你想学点生信，搜了“初学者教程”，满眼尽是高大上，没有一句能看懂。

　　终于你跨越茫茫宇宙，来到生信星球，发现了初学者的新大陆！

　　前两天，你成功get到了linux，并且掌握了一些基本的linux文件目录操作~现在是不是跃跃欲试，想搞点软件练练手呢？今天就让豆豆带你探索生信界的App Store —— Bioconda。

　　豆豆曾经一个软件的安装和配置就要折腾很长一段时间，大大增加了学习成本。但是今天呢，我们就从最简单的入门，学一学如何一键式安装自己想用的软件。

铛铛铛铛～今天的主角闪亮登场～         Bioconda （http://bioconda.github.io）

1. 简单介绍一下历史知识

• conda是大Boss，最初为管理python包而建立，它是一个大的涵盖许多领域的软件包管理器。

• anaconda是总管，职务比conda低，但干的活不少，也是个有内涵的家伙

• miniconda是区域经理，说白了就是干事的，而且比较专一，主要负责生信领域

2.下载&安装

开始下载

• 我们选用官方推荐最Easy的方式——miniconda

• 打开你刚安好的Windows Subsystem for Linux Bash; 或者Mac的Terminal; 或者Linux Server

• 然后复制链接，再使用wget命令下载
  

  wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
  

一般下载Python 3.6 版本的，conda 会自动给你安装python的3版本，不用自己再下载安装，是不是很省心？

• 【插播一条：自己电脑会默认自带Python2，但是conda给我们又安上了3,有小伙伴会问，那么使用过程中默认是2，我想用3怎么办？
  ～ 不用担心，想用2就python2 + xx.py; 想用3就python3 + xx.py】

开始安装

• a.安装使用 bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
  

• b. 然后一直enter,然后出现
  霸王条款：Do you accept the license terms? [yes|no]
  当然要yes -_-!!

• c. 出现了路径的配置，如果你有想安装的路径就输入你自己的
  【友情提示：可以放到家目录的bashrc下，方便以后修改。输入:/home/你的用户名/.bashrc。只不过这种安完以后需要再source ~/.bashrc激活环境变量】；
  如果不想自定义那就默认吧，敲Enter继续
  

• d. 安装过程很快
  

3.安装结束后的工作

• 测试：输入conda
  

• 检查已安装软件 conda list

• 配置镜像文件

conda config --add channels conda-forge

鉴于国内下载国外的软件速度太慢，所以我们可以配置国内的两大conda镜像站（选其一即可，推荐USTC更稳定）

清华源： 命令行复制粘贴就好

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/               

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/                      

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/                          

USTC: 

conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/free/ conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/main/ conda config --set show_channel_urls yes

• 查看channels: conda config --get channels

• 移除某个channels：conda config --remove channels

4.软件安装

　　终于要安软件啦！conda install 软件名称(ex.cutadapt)

　　这个过程一般很顺畅，如果遇到有些软件由于种种原因不能安装，我们接下来可以选择手动安装，这个以后会介绍哦～

• 软件更新 ： conda update 软件名
  

• 若不确定软件名称，可以先使用搜索： conda search fastqc
  

• 安装特定版本软件： ex. conda install bwa=0.7.12
  

• 软件卸载： conda remove 软件名
  

附：conda 卸载

Q： 请问不想用了怎么卸得畅快轻松？

A ：首先 rm -rf ~/miniconda3

B: 环境变量中去掉conda, vi ~/bash_profile 删除conda路径，退出保存

【有个小技巧：vim 中移动光标比如到第9行，使用dd就可以快速删除整行】

C: 删除隐藏的.condarc 、.conda以及.continuum文件

　　到此，今日的学习时光就结束了，在这里你是否收获了知识和快乐？豆豆和花花的文章是否令你满意？如果有任何问题，欢迎留言或电邮Bioplanet@outlook.com。我们下期再见～