ChIA-PET^[1](2009)、HiChIP^[2](2016)、PLAC-seq^[3](2016)三种技术都是由蛋白因子或组蛋白修饰介导的染色质构象捕获技术。

1 ChIA-PET

技术全称：Chromatin Interaction Analysis by Paired-End Tag sequencing

技术步骤：

• 甲醛交联DNA和蛋白质；
• 超声获得DNA片段；
• ChIP富集DNA和蛋白质的复合物；
• DNA片段末端连接包含MmeⅠ识别位点的生物素寡核苷酸linker；
• linker邻近连接；
• MmeⅠ酶消化得到DNA片段，提取PET
• 建库测序

技术原理示意图：

2 HiChIP

技术全称：in situ Hi-C followed by chromatin immunoprecipitation

技术步骤：

• 细胞交联(甲醛交联DNA和蛋白质)
• 原位限制性内切酶消化
• 生物素末端标记
• 邻近连接
• 核裂解
• 超声shearDNA片段
• 免疫共沉淀
• 解交联
• 纯化DNA
• 生物素片段pull-down
• Tn5建库测序

技术原理示意图：

3 PLAC-seq

技术全称：Proximity Ligation-Assisted ChIP-seq

技术步骤：

• 甲醛交联DNA和蛋白质
• 原位限制性内切酶消化
• 生物素末端标记
• 邻近连接
• 核裂解
• 超声shearDNA片段
• 免疫共沉淀
• 解交联
• 纯化DNA
• 生物素片段pull-down
• 建库测序

技术原理示意图：

Note:

①HiChIP和PLAC-seq原理非常相似，但是有一个区别是两者建库的方式不一样：HiChIP是通过Tn5酶自带adaptor进行建库，而PLAC-seq是通过末端修复，加A尾，再加adaptor。

②HiChIP相对于ChIA-PET具有更低的成本，更高的敏感性，更低的细胞起始量，更低的测序要求。PLAC-seq也是，具有更高的灵敏度和特异性。

③ChIA-PET步骤是先染色质免疫共沉淀，后邻近连接；而HiChIP、PLAC-seq是先连接，后染色质免疫共沉淀(核内连接，核外IP)，提高了效率和准确性。

④以上三种技术适合研究转录调控元件之间的相互作用，如增强子-启动子，增强子-增强子之间的互作,而HiC则是更适合从compartment、TAD、loop这几个层次探讨染色质层级结构。

4 参考文献

[1] Fullwood, Melissa J et al. “An oestrogen-receptor-alpha-bound human chromatin interactome.” Nature vol. 462,7269 (2009): 58-64. doi:10.1038/nature08497

[2] Mumbach, Maxwell R et al. “HiChIP: efficient and sensitive analysis of protein-directed genome architecture.” Nature methods vol. 13,11 (2016): 919-922. doi:10.1038/nmeth.3999

[3] Fang, Rongxin et al. “Mapping of long-range chromatin interactions by proximity ligation-assisted ChIP-seq.” Cell research vol. 26,12 (2016): 1345-1348. doi:10.1038/cr.2016.137

[4] Li, Guoliang et al. “ChIA-PET tool for comprehensive chromatin interaction analysis with paired-end tag sequencing.” Genome biology vol. 11,2 (2010): R22. doi:10.1186/gb-2010-11-2-r22

[5] Yu, Miao et al. “Proximity Ligation-Assisted ChIP-Seq (PLAC-Seq).” Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) vol. 2351 (2021): 181-199. doi:10.1007/978-1-0716-1597-3_10