ChIPseeker其实支持顺反组的各种测序数据
ChIPseeker是为ChIP-seq所设计的，因为当年我在做ChIP-seq，一不小心就写了这个包，然而我的知识是有限的，这名字取得太过于限定在ChIP-seq了，其实顺反组的其它类型的测序技术都是支持的，包括DNase-seq和ATAC-seq，此处为了说明我当前的知识是有限的，必须强调不仅限于此，免得出现开头说的这种尴尬。
8月份去开会，有中大肿瘤医院的PI跟我说，他们希望ChIPseeker可以支持ATAC-seq，因为我的ChIPseeker太好用了，然后他们想要用在ATAC-seq上，然而我的包真的是支持的啊。
哈佛大学的网站上有一份ATAC-seq分析指南[1]，就明确地写了，ChIPseeker虽然是为ChIP-seq所设计，但对ATAC-seq一样支持得非常好，并且把ChIPseeker列为这份指南的关键步骤之一。
《Briefings in Bioinformatics》期刊上有一篇DNase-seq数据分析指南的文章，《A practical guide for DNase-seq data analysis: from data management to common applications [2]》，这篇文章也明确地把ChIPseeker列为DNase-seq数据分析的关键步骤之一，而且你可以发现流程图中 Peak Annotation 这一步的图正是ChIPseeker画的 vennpie。
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如果我们去 google scholar 上搜索的话，我们会发现已经有大量的DNase-seq和ATAC-seq分析的文章，都在使用ChIPseeker。
ChIPseeker 系列传送门
CS0: ChIPseq 从入门到放弃 CS1: ChIPseq 简介 CS2: BED 文件 CS3: peak 注释 CS4：关于 ChIPseq 注释的几个问题 CS5: 吃着火锅，唱着歌，还把分析给做了 CS6: ChIPseeker 的可视化方法 CS7：Genomic coordination 的富集性分析（1） CS8：Genomic coordination 的富集性分析（2） CS9: GEO 数据挖掘 CS10: 八卦终结版 CS 番外 1：如何定义下游的区间？ CS 番外 2: 过滤 ChIPseeker 注释结果 CS 番外 3：更好用，更稳定的 upsetplot + vennpie CS 番外 4：自定义注释分类
参考资料
ATAC-seq分析指南: https://informatics.fas.harvard.edu/atac-seq-guidelines.html
A practical guide for DNase-seq data analysis: from data management to common applications : https://academic.oup.com/bib/advance-article/doi/10.1093/bib/bby057/5053117
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