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ls
top
mkdir
vim
cp
cd
mv
rm
pwd
less -S
more
cat
wc
- 练习题目
（1）在个人目录下创建空文件tmp.txt
（2）利用vim文本编辑器，编辑字符串"AGIS"保存退出，然后查看tmp.txt的内容
（3）查看AT.cds.fa内容（cat/less/more/tail等），提取序列ID（提示：提取文件中包含‘>’的行并将结果重定向到文件gene_id.txt，涉及到的命令包括grep/sed等 )。
（4）统计gene_id.txt的行数。
（5）查看当前工作路径。
（7） 查看本目录下gene.bed文件内容并打印第1，2，3列并输出到文件gene.info中。
（8）查看目录下number.txt文件内容, 对此列数据按照从大到小排序并删除重复项内容输出到number2.txt中。
- 数据格式
zip/gzip/bzip2/tar.gz
gunzip AT.cds.fa.gz
unzip AT.cds.zip
bzip2 -d Os.pep.fa.bzip2
tar -zxvf ZipFiles.tar.gz
wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
sh Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
利用conda安装常用生信软件
conda install bwa -c bioconda
conda install hisat2 -c bioconda
conda install blast -c bioconda
安装BLAST
conda install blast -c bioconda
- 构建索引
构建核酸比对索引
makeblastdb -in AT.cds.fa -dbtype nucl -out nucldb
构建蛋白比对索引
makeblastdb -in Os.pep.fa -dbtype prot -out pepdb
- 序列比对
核酸比对
blastn -query AT.cds.fa -out nucl_blast.out -db nucldb -outfmt 6 -evalue 0.01 -num_threads 1
蛋白比对
blastp -query Os.pep.fa -out pep_blast.out -db pepdb -outfmt 6 -evalue 0.01 -num_threads 1
- 任务描述
利用BUSCO软件评估基因组组装质量
- 软件安装
conda install -c bioconda -c conda-forge busco=4.1.2 augustus=3.3.3 biopython=1.76
- 命令行
tar -zxvf enterobacterales_odb10.2020-03-06.tar.gz
busco -i ecoil.fasta -l ./enterobacterales_odb10 -o ecoil -m genome
- 任务描述
利用wgsim软件模拟大肠杆菌的二代数据，要求模拟2万条reads，双端150bp的数据。 - 使用软件：wgsim （https://github.com/lh3/wgsim）
- 软件安装
git clone https://github.com/lh3/wgsim.git
cd wgsim/
gcc -g -O2 -Wall -o wgsim wgsim.c -lz -lm
cp wgsim ~/bin/
wgsim
- 命令行
cd PracticeData/task6/data/
ls
gunzip ecoli.contigs.fasta.gz
wgsim -N 20000 -1 150 -2 150 -S 1 ecoli.contigs.fasta reads_R1.fastq reads_R2.fastq /dev/null
- 任务描述
利用bwa软件mem算法将双端数据比对到参考基因组，并利用samtools将输出的sam文件转换成bam格式，最后利用samtools flagstat统计比对结果 - 使用软件：
bwa (https://github.com/lh3/bwa)
htslib (https://github.com/samtools/htslib)
samtools (https://github.com/samtools/samtools) - 软件安装
git clone https://github.com/lh3/bwa.git
cd bwa
make
./bwa
cp bwa ~/bin/
git clone https://github.com/samtools/htslib.git
git clone https://github.com/samtools/samtools.git
autoheader
autoconf -Wno-syntax
./configure --prefix=/public/home/zhangxt/ --with-htslib=/public/home/zhangxt/Practice/software/htslib
make
make install
samtools -h
- 命令行
bwa index ecoli.contigs.fasta
bwa mem -t 2 ecoli.contigs.fasta reads_R1.fastq reads_R2.fastq > out.sam
samtools view -bS out.sam > out.bam
samtools flagstat out.bam
- 任务描述
利用ragoo软件，以日本晴的Chr1染色体作为参考，组装contig水平的水稻9311染色体Chr1 - 使用软件
ragoo (https://github.com/malonge/RaGOO)
faSize.pl (https://github.com/tangerzhang/my_script/blob/master/faSize.pl)
miniconda3 (https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh) - 软件安装
安装ragoo
conda install intervaltree
conda install numpy
wget https://github.com/malonge/RaGOO/archive/refs/tags/v1.11.tar.gz
mv v1.11.tar.gz ./RaGOOv1.11.tar.gz
tar -zxvf RaGOOv1.11.tar.gz
cd RaGOO-1.11/
python setup.py install
安装faSize.pl
wget https://github.com/tangerzhang/my_script/blob/master/faSize.pl
chmod +x faSize.pl
cp faSize.pl ~/bin/
- 命令行
ragoo.py -C 9311_contig.fasta Nip_Chr1.fasta
faSize.pl ragoo.fasta
-
任务描述
利用dotploty软件绘制水稻日本晴和9311之间的共线性 -
使用软件
minimap2 (https://github.com/lh3/minimap2) dotploty (https://github.com/tpoorten/dotPlotly) -
软件安装
安装minimap2
git clone https://github.com/lh3/minimap2.git
cd minimap2
make
安装R语言包：
conda install r-ggplot2 r-plotly
安装dotploty
git clone https://github.com/tpoorten/dotPlotly.git
- 命令行
minimap2 -x asm5 Nip_Chr1_Chr2.fa 9311_Chr1_Chr2.fa > out.paf
pafCoordsDotPlotly.R -i out.paf -o out.plot -m 5000 -q 50000 -k 2 -s -t -l -p 8
- 任务描述
利用nucmer软件计算水稻9311和日本晴的差异，并用delta-filter过滤结果，最后用show-snps获得snp信息 - 使用软件
MUMMER (https://github.com/mummer4/mummer/releases/download/v4.0.0.beta5/mummer-4.0.0beta5.tar.gz) - 软件安装
wget https://github.com/mummer4/mummer/releases/download/v4.0.0.beta5/mummer-4.0.0beta5.tar.gz
tar -zxvf mummer-4.0.0beta5.tar.gz
cd mummer-4.0.0beta5/
./configure --prefix=/public/home/zhangxt/
make && make install
- 命令行
nucmer Nip_Chr1.fasta 9311_Chr1.fasta --prefix out
delta-filter -r -q out.delta > out.filter.delta
show-snps -Clr out.filter.delta > out.snps