chmod 757 runsmcpp.bash
	chmod 757 makeMappabilityMask.py
	chmod 757 getvcfchr.py
	chmod 757 seqbility-20091110/gen_raw_mask.pl
	chmod 757 seqbility-20091110/splitfa
	chmod 757 seqbility-20091110/gen_mask

	runsmcpp.bash -i inputvcffile -g G1 -o pwd -n threads -u 6.18e-8
	runsmcpp.bash -i inputvcffile -gf Groupfile -o pwd -n threads -u 1.18e-7
	runsmcpp.bash -i inputvcffile -g G1 -gf Groupfile -o pwd -n threads -u 2.81e-8
	runsmcpp.bash -i inputvcffile -g G1 -gf Groupfile -o pwd -n threads -u 2.81e-8 -G genome.fa
	runsmcpp.bash -i inputvcffile -g G1 -gf Groupfile -o pwd -n threads -u 2.81e-8 -m genome.mask.bed.gz

-i 指定输入的vcf文件，注意输入的vcf必须有vcf完整的头部
-g 指定分组名称（必须是字目开头的，不能有特殊字符），只能是一个分组名称，不支持多个分组
-gf 指定分组文件（第一列是样本名称，第二列是分组名称，使用tab分割）
-o 指定输出的目录

-n 指定使用的cpu数量，默认是使用32个cpu
-u 核苷酸突变率u,默认是7e-9

-m 基因组的mask文件  提供此参数的时候，会使用此参数的文件作为mask文件。
-G或-genome 基因组文件  提供此参数的时候，会重新计算基因组的mask文件，耗时较长，依赖bwa软件
-m和-G参数只需要提供一个即可，如果同时提供，并不会重新计算mask文件。