绝美！差异基因火山图大全！
前言
制作不易，请多多支持，感谢！！！
转录组差异基因分析完之后就可以进行后续的分析了，但在此之前重要的是对差异结果的可视化，可视化办法有很多，例如热图，我们之前已经详细的说过如何做了，这一节着重说一下火山图的制作来表示差异基因的结果。
我们提供三种火山图的制作方法，每种做法都是CNS文章中出现的，争取一步到位，做的图就是发文章的图，让自己的可视化更好。
绘制火山图需要的文件是差异分析结果，包含FC和P值：
第一种
第一种方法比较简单，读入文件，横轴为log2FC，纵轴为-Log10Pvalue，直接用plot函数画图即可；
setwd("E:/生物信息学/转录组火山图")df <- read.csv("DEGs_trans.csv",row.names = 1) #导入数据，第一列作为行名plot(df$log2FoldChange, -log10(df$padj),col="#00000033", pch=19,cex=2.5,xlab=paste("log2 (fold change)"),ylab="-log10 (P_value)")+title("DEGs")
初步画好了散点图，接着加入阈值条件，显示差异基因：
#筛选上下调up <- subset(df, df$padj < 0.01 & df$log2FoldChange > 5)down <- subset(df, df$padj < 0.01 & df$log2FoldChange < as.numeric(-5))#绘制上下调points(up$log2FoldChange, -log10(up$padj), col=1, bg = brewer.pal(9, "YlOrRd")[6], pch=21, cex=2.5)points(down$log2FoldChange, -log10(down$padj), col = 1, bg = brewer.pal(11,"RdBu")[9], pch = 21,cex=2.5)#加上阈值线abline(h=-log10(0.01),v=c(-5,5),lty=2,lwd=1)
这样一副火山图就基本完成了，还有一个最后的步骤就是显示感兴趣的基因名称，plot画图可以用text函数添加，只需要找到基因的坐标即可。
text(-5.301223,-log10(3.260000e-64),"OGFOD2")第二种
第二种使用ggscatter包，首先根据自己的阈值筛选差异基因，对上下调的基因进行分别标记：
library(ggpubr)library(ggthemes)df$group = 'ns'#添加一组df$group[which((df$padj <0.01)&(df$log2FoldChange>5))]='Up'#上调基因df$group[which((df$padj <0.01)&(df$log2FoldChange< -5))]='Down'#下调基因df$label ='' #标记，用于后续显示基因名称df <- df[order(df$padj),]#排序up <- head(rownames(df)[which(df$group =='Up')],10)#挑选up10down <- head(rownames(df)[which(df$group =='Down')],10)#挑选down10top10 <- c(as.character(up), as.character(down))df$label[match(top10, rownames(df))] <- top10 #将up，down基因名添加在label这一列