BSA分析之MutMap+分析原理详解！
Mutmap+分析原理
关于mutmap+的原理说明，给大家分享一篇好文章，转载自以前一个同事，写得很好，原文参见：http://blog.sina.com.cn/s/blog_14cce7aed0102vpha.html
MutMap+的原理如图1，将野生型（WT）诱变得到的突变型（M1）自交得到M2，因为诱变产生的突变型一般是杂合的，在M1中不会表现出突变表型（尽管显性突变或者加性突变会在M1中表现，这里不作讨论，我们这里只关注隐性突变）。将M2种植后观察表型，统计野生型和突变型是否符合3:1的分离比（卡方检验），如果符合，我们认为该突变表型为隐性遗传。将M2野生型自交得到M3，选择M3野生型和突变型分离比为3:1的子代池，将两种表型各选20-40株混池测序（测序深度10 x以上），将测序结果比对到参考基因组，计算SNP-index（和野生型不同的reads占总reads的比例）。与MutMap不一样的是，在MutMap+中的两个混池中出现很多不是导致突变性状的SNP位点的index等于1（图1D），这是因为在M2中随机固定下来的突变的SNP（理解为遗传学中的奠基者效应吧），这些位点在两个池中同时存在，所以我们将突变池的SNP-index减去野生池的SNP-index后，得到的ΔSNP-index中，就消除了这种“干扰”，此时，我们将ΔSNP-index显著大于0（bootstrap或者说置换检验判断显著性）的位点作为候选位点（图1E）。
文章中，作者也将野生亲本测序了，因为作者对这个亲本做了一些列的研究，在我们实际项目中，不测亲本是完全可行的：我们根据参考基因组计算SNP-index（与参考基因组不同的reads占总reads的比例），对应的，在ΔSNP-index中显著大于或者小于0的位点，都应该作为候选位点。
在上一篇博客中提到了，MutMap直接用突变型连续自交的子代池计算SNP-index，这样做也是可行的。但是经过诱变后，连续自交后随机固定下来的位点较多，与亲本相比，会出现较多的假阳性。而MutMap+的两个池都是来自于M2，遗传背景一致，所以假阳性大大减少。
Mutmap+与Mutmap的分析差异
从分析的原理当中我们会发现两种方法相似但有差异，Mutmap用snp-index就可以了，而Mutmap+要用ΔSNP-index，这里的原因我总结如下：
由于Mutmap+的诞生是由于要研究的突变具有致死性，无法和mutmap一样与野生型回交，从而发展了mutmap+方法，也就是从后代中挑选杂合的个体继续自交；得到分离的M3，而不是回交得到分离群体；这样得到的群体就有随机效应，也就是遗传学中的奠基者效应，某些位点不与性状相关但是纯合的，所以需要用ΔSNP-index。
好了，今天Mutmap+就介绍到这里，有类似实验需求可以直接咨询公众号小编微信：llcheng1314.
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