跟着Cell学作图|8.富集分析网络图(Cytoscape/ClueGO)
8.富集网络图(Cytoscape/ClueGO)
“实践是检验真理的唯一标准。”
“复现是学习R语言的最好办法。”
DOI: 10.1016/j.cell.2020.05.032
这篇2020年发表在cell上关于新冠的组学文章里面有大量的生信内容。今天带大家复现其中的一个Supplemental Figure：富集网络图。
本文示例数据领取：后台回复“20210430”
读图
对于富集结果的网络图：
节点表示 代表性富集通路，节点的连线表示 通路之间的共有的基因数，颜色表示 该节点的富集情况分类(隶属于哪个功能组，颜色也可以和表格形式的的ClueGO结果对应)。
Cytoscape
Cytoscape是一个开源软件平台，用于可视化分子相互作用网络和生物途径，并将这些网络与注释、基因表达谱和其他状态数据集成在一起。Cytoscape核心分布为数据集成、分析和可视化提供了一组基本特性。其他功能也可以作为插件使用。插件可用于网络和分子分析、新的布局、额外的文件格式支持、脚本和与数据库的连接。
ClueGO
ClueGO是一个Cytoscape插件，它可以在一个功能分组的网络中可视化大簇基因的非冗余生物学术语。标识符可以从文本文件中上传，也可以从Cytoscape的网络中交互上传。用户可以很容易地扩展所支持的标识符类型。ClueGO执行单聚类分析和几个聚类(基因列表)的比较。从使用的本体源，术语被选择不同的过滤标准。
绘制
1. 下载Cytoscape
Cytoscape: An Open Source Platform for Complex Network Analysis and Visualization https://cytoscape.org
2. 下载ClueGO插件
Apps菜单 -> App Manager -> 找到ClueGO -> Install
3. ClueGO激活
Apps - ClueGo - Getlicense - Request a license key
填写基本信息之后提交审核，审核时间可能需要1天。邮件收到license之后点击App-ClueGO- Re-license，在弹出的提示框中输入license即可激活ClueGO。
5. 上传数据
5. 选择富集数据集和富集标准
以GO富集为例：
在富集过程中，会通过超几何的方法计算p值，这里可以选择p小于0.05的，将这部分结果展示
开始分析
6. 结果
其他数据库，如KEGG，步骤类似。
写在后面：
本系列重在复现，所以有些细节可能讲的不是很详细。大家有问题可以后台私信，或者在我的B站：
木舟笔记进行互动！制作不易，希望大家多多支持！
往期内容：
跟着Cell学作图 | 2.柱状图+误差棒+散点+差异显著性检验