生信宝典之傻瓜式 (二) 如何快速查找指定基因的调控网络

我是谁？我在哪儿？我在查什么？

在信息爆炸的时代，相信很多小伙伴在查文章时会因信息量太大而抓狂。今天带来一款设计简洁、功能全面的基因功能查询工具，助你事半功倍，心情倍儿爽。

EVEX在线查询数据库（http://evexdb.org/）是一款以基因为检索对象，以PubMed和PubMed Central中发表文章的摘要和全文为依据的文本挖掘（text mining）数据库。由于检索结果都是以被检索的基因为中心，因此条理非常清晰，大家来感受下：

以小鼠Oct4基因为例，想知道与Oct4相互作用的基因有哪些？只需在EVEX上搜索到小鼠Oct4基因。

点开之后即进入检索结果，可以看到有四类基因，包括被Oct4调节的71个基因、能够调节Oct4的80个基因、与Oct4有结合的133个基因、以及与Oct4共同参与调节的1336个基因。

以第一类为例，点开之后可以看到具体的被Oct4调节的基因，以及Confidence最高的支持这一调节关系的原文。

以Oct4调节Nanog为例，点击Show more之后可以看到所有支持这一调节关系的原文以及相应的PubMed链接。

此外，EVEX数据库还可以同时检索两个基因，这将显示这两个基因之间的调节关系。以小鼠的Oct4和Nanog为例：点击Show interactions之后可以看到Oct4和Nanog之间的各种调节关系。可以直接查看，也可以导入Cytoscape绘制调控网络图。（后台回复 cytoscape 可获取对应文章）

最后，重要的事情说三遍：一定要去看原文，一定要去看原文，一定要去看原文。文本挖掘是机器读取的结果，而EVEX也不是AlphaGo。因此难免会出错。EVEX只是一个基因功能查询工具，最终下结论的人还是你。