【陪你学·生信】一、生信能帮我们做什么
生物信息学可以当作分子生物学的一个计算机分支。生物学中，在活体上的实验叫做in vivo；人工环境离体实验叫做in vitro；延伸一下，生信又可以视为in silico的生物学实验（经常在论文中看到这个描述）。
下面是生信研究的一些基础方向，可以对它有个大概的了解。
1. 分析蛋白质序列
现在我们都知道，蛋白质是由氨基酸组成的，第一次确定蛋白质的氨基酸序列是在1951年。
insulin=MALWMRLLPLLALLALWGPDPAAAFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKTRREAEDLQVGQVELGGGPGAGSLQPLALEGSLQKRGIVEQCCTSICSLYQLENYCN
现在分析蛋白质序列仍是生信的一个主要研究内容。包括从数据库中提取蛋白质序列；计算氨基酸组成，分子质量，等电点等其他参数；判断蛋白质是亲水性还是疏水性蛋白，预测抗原位点和跨膜片段位置；预测蛋白质二级结构单元和结构域；通过序列预测其3D结构并生成蛋白质3D结构可视化模型；寻找所有具有相似序列的蛋白质，进行多序列比对，对蛋白质进行归类并研究亲缘关系。
一些关于蛋白质序列的小知识
（1）蛋白质序列的顺序：由N到C
（2）蛋白质3D结构：第一个蛋白质的3D模型是在1958年确立的，后来人们建立了“相似氨基酸序列→相似结构→相似功能”的逻辑链，也是分子生物学和生信的理论基础。
2. 分析DNA序列
利用生信工具可以从数据库中提取DNA序列；计算核苷酸组成；识别限制性酶切位点；设计PCR引物；识别开放阅读框（ORFs）；预测DNA或RNA的二级结构元件；寻找序列中的重复；计算多序列的最佳比对方式；发现基因中的多态位点（单核苷酸多态性，SNPs）；拼接组装（assembling）序列片段等。
一些关于DNA序列的小知识和注意
（1）顺序：由5‘端到3’端
（2）序列两端：5‘端有磷酸基团，3’端是羟基。
（3）DNA是双链，当我们处理序列的时候往往看其中一条链，但是要记得它是双链的。绝大多数工具在分析的时候都会将两条链考虑进去，但是有的工具只会分析你输入的序列，不会考虑它的互补链，这时候不要忘记手动分析另一条链，让结果更加完整。
3. 分析RNA序列
一些关于RNA的小知识
（1）与DNA在核苷酸组成上不同，DNA中的T，在RNA中对应U。但是有一些软件在分析RNA序列时，仍然出现T，其实是U的意思。而且因为RNA序列是DNA编码的，所以人们也更倾向直接分析它们对应的DNA序列，而不是RNA。
（2）虽然RNA是单链，但是它的碱基依然互补并形成各种不同的结构，从而发挥不同的功能。近年生信不断发展新的工具来预测RNA结构。
4. 分析全基因组序列
全基因组测序开启了基因组学，全基因图谱的时代。与早期逐个基因研究相比，现在无需任何前期知识依据，测序的同时就可以对其注释，通过一系列生信分析，了解生物的未知信息。
利用生信我们可以分析与特定基因组有关的序列；解析微生物基因组序列（ORFing）；解析真核基因组序列（GenScan）；寻找直系同源和旁系同源基因；寻找基因组中的重复并分析基因组基本特征等。